2025-11-04 株式譲渡の手続き完全ガイド | 流れ・必要書類・税金をわかりやすく解説

作成日: 2025年11月4日

会社の経営権を動かす「株式譲渡」。事業承継やM&Aの中心となる重要な手続きですが、その全体像を正確に理解している方は少ないかもしれません。これは単に株を売り買いするだけでなく、会社の未来を誰かに託すプロセスです。

特に中小企業にとって、株式譲渡は後継者問題の解決策や成長戦略として欠かせません。しかし、手続きを一つ間違えるだけで、譲渡が無効になったり、後々大きなトラブルに発展したりする可能性があります。

この記事では、株式譲渡の基本的な流れから必要書類、そして税金の問題まで、専門家でなくても理解できるよう、具体的なステップに沿って解説します。

株式譲渡とは？事業承継やM&Aでなぜ重要なのか

株式譲渡とは、会社のオーナーなどが保有する株式を後継者や第三者に譲り渡すことで、経営権を移転させる法的な手続きです。特に、オーナー経営者が多い中小企業では、事業を円滑に引き継ぐための最も一般的な手法として活用されています。

株式譲渡が選ばれるのは、以下のような場面です。

• 事業承継: 後継者不在のオーナーが、従業員や外部の企業に会社を託す。
• M&A（合併・買収）: 他社を買収して事業を拡大する、あるいは自社を売却して創業者利益を得る。
• MBO（マネジメント・バイアウト）: 経営陣が株主から自社株を買い取り、経営の自由度を高める。

中小企業における株式譲渡の現実

現在、日本の中小企業の多くが後継者問題に直面しており、株式譲渡による事業承継が解決策として注目されています。売り手が持つ株式をすべて買い手へ譲渡すれば、経営権がシンプルかつスムーズに移転できるからです。

ただし、経営権だけでなく、従業員の雇用や取引先との関係もすべて引き継がれるため、手続きは慎重に進めなければなりません。

手続きの鍵を握る「譲渡制限株式」

ほとんどの中小企業の定款には、「譲渡制限株式」というルールが定められています。これは、会社の承認なしに株式が自由に売買されるのを防ぎ、「知らない間に好ましくない人物が株主になっていた」という事態を避けるための重要な仕組みです。

このため、株主が株式を譲渡したい場合、まずは会社から「承認」を得なければなりません。具体的には、取締役会や株主総会での決議が必要です。この承認プロセスこそ、株式譲渡における最初の関門であり、もしこれを無視して譲渡を進めても、法的に会社に対して株主の変更を主張できず、無効となってしまいます。

手続きの全体像を掴んでおけば、どのステップで何が必要になるかが見えてきて、落ち着いて準備を進められます。少しでも法的な解釈や進め方に不安を感じたら、迷わず弁護士や司法書士といった専門家に相談するのが賢明です。

【ステップ1】譲渡制限株式の承認手続き

日本の中小企業の多くが発行する譲渡制限株式。この株式を譲渡するには、会社法に定められた正式な手続きを踏む必要があります。もしルールを無視して売買すると、その取引が無効になるリスクがあります。

ここからは、実際の承認手続きのステップを順に見ていきましょう。

1. 譲渡承認の請求

まず、株式を売りたい人（譲渡人）が会社に対し、「この株式を、この人に譲渡することを承認してください」と書面で請求します。これが譲渡承認請求です。口約束はトラブルの元になるため、必ず「譲渡承認請求書」を作成しましょう。

【請求書に記載する主な内容】

• 請求日
• 譲渡人の氏名・住所
• 譲渡する株式の種類と数（例：「普通株式100株」）
• 譲受人（買い手）の氏名・住所

この書類が会社に受理された時点で、会社は承認の可否を決定する義務を負います。

2. 会社の意思決定（取締役会または株主総会）

請求を受けた会社は、取締役会または株主総会で譲渡を承認するかどうかを正式に決議します。どちらで決議するかは、会社の定款の定めによります。

• 取締役会設置会社の場合: 定款に定めがあれば、取締役会で決議します。出席取締役の過半数の賛成で承認され、その証拠として取締役会議事録を作成します。
• 取締役会非設置会社の場合: 原則として株主総会の普通決議（議決権の過半数を持つ株主が出席し、その議決権の過半数の賛成）で承認します。決議内容は株主総会議事録に記録します。

3. 承認結果の通知

決議後、会社は請求者に対して結果を通知しなければなりません。この通知は、請求を受けてから2週間以内に行うのがルールです。もしこの期間内に通知がなければ、会社は譲渡を承認したものとみなされます（みなし承認）。実務では「株式譲渡承認通知書」などの書面で通知するのが一般的です。

譲渡制限株式の承認手続きの流れと必要書類

手続きをスムーズに進めるための流れと必要書類を、以下の表にまとめました。

この一連の流れは、法律で定められた重要なプロセスです。書類の不備は後々のトラブルの火種になりかねません。もし少しでも不安があれば、迷わず専門家の力を借りましょう。

【ステップ2】契約と名義書換で権利を確定させる

会社の承認を得たら、次はいよいよ株式譲渡の核心部分です。売り手（譲渡人）と買い手（譲受人）の間で「株式譲渡契約書」を締結し、会社に対して株主としての権利を正式に登録する「株主名簿の名義書換」を行います。この2つのステップは、取引を法的に確定させ、将来のトラブルを防ぐための「最後の砦」です。

1. 株式譲渡契約書の締結

株式譲渡契約書は、誰が、どの株式を、いくらで、いつ譲渡するのかを明確にし、当事者双方の権利と義務を定める法的な約束事です。口約束で済ませず、必ず書面で契約を交わしましょう。

【契約書に盛り込むべき最低限の項目】

• 譲渡の合意: 双方が株式譲渡に合意する旨の記載。
• 対象株式の特定: 会社名、株式の種類（例：普通株式）、株式数。
• 譲渡価格: 1株あたりの単価と総額、支払い方法と期日。
• 株式の引渡し: 名義書換手続きの時期。
• 名義書換への協力義務: 売り手が名義書換に協力する旨の条項。

将来のリスクを回避する「表明保証条項」

特にM&Aの場面で重要になるのが「表明保証条項」です。これは、売り手が会社の財務状況や法務リスクについて、「開示した情報に間違いはありません」と保証するものです。もし後から保証内容に反する事実（例：未払いの残業代や訴訟リスク）が発覚した場合、買い手は売り手に損害賠償を請求できます。

買い手にとっては安心して会社を引き継ぐための「保険」となり、売り手にとっては誠実に情報開示した証となります。表明保証の内容は取引の根幹に関わるため、弁護士などの専門家と慎重に検討することが不可欠です。

2. 株主名簿の名義書換

契約と代金の支払いが完了しても、手続きは終わりではありません。最後に、会社に対して「私が新しい株主です」と公式に認めてもらうため、株主名簿の名義書換を請求します。

会社法では、株主名簿に記載されていなければ、会社に対して株主としての権利（配当請求権や議決権）を主張できないと定められています（会社法第130条）。この手続きを怠ると、せっかく株主になってもその権利を行使できません。

名義書換は、新しい株主（譲受人）と元の株主（譲渡人）が共同で「株主名簿名義書換請求書」を会社に提出して行います。手続き完了後、新しい株主は会社に「株主名簿記載事項証明書」の交付を請求でき、これが正式な株主であることの証明になります。

契約書の作成や名義書換は、法律の知識が求められる場面です。記載漏れや手続きの遅れは、思わぬトラブルを招きます。不安を感じるなら、企業法務に詳しい弁護士や司法書士に相談するのが一番の近道です。

【ステップ3】株式譲渡にかかる税金と会計処理

株式譲渡が無事に完了すると、売り手には譲渡による利益（譲渡所得）が発生し、税金の問題が必ずついて回ります。この税金は、株を売ったのが個人か法人かによって計算方法や税率が大きく異なります。

ここでは、売り手と買い手、それぞれの立場で知っておくべき税務と会計の基本を解説します。

個人が株を売った場合の税金（申告分離課税）

会社のオーナー経営者など、個人株主が株式を譲渡して利益が出た場合、その利益（譲渡所得）に対して所得税・復興特別所得税・住民税が課されます。

ポイントは、給与所得など他の所得とは合算せず、株式の譲渡所得だけで独立して税金を計算する「申告分離課税」が適用される点です。

税率は所得の大きさにかかわらず一律で合計20.315%です。

• 所得税: 15%
• 復興特別所得税: 0.315%
• 住民税: 5%

この税金を納めるには、原則として、譲渡した年の翌年2月16日～3月15日の間に確定申告が必要です。

法人が株を売った場合の税金（総合課税）

法人が子会社株式などを売却して利益が出た場合は、個人のケースとは全く異なります。

株式の譲渡益は、本業の利益など他の所得とすべて合算され、その事業年度の全体の利益に対して法人税等が課されます。個人のように特別な税率があるわけではなく、あくまで会社の所得の一部として扱われます。

そのため、本業が赤字の年度に株式を売却すれば、譲渡益と赤字を相殺して税負担を軽減できる可能性があります。どのタイミングで売却するかは、法人にとって重要な税務戦略の一つです。

株主の種類別 税金の違いまとめ

取得費が不明な場合

「何十年も前の出資で、いくらで取得したか分からない」というケースは少なくありません。取得費を証明する書類がない場合、税法上、譲渡価格の5%を「概算取得費」として計上できます。

しかし、これは最終手段です。例えば1,000万円で売却した場合、取得費は50万円とみなされ、残りの950万円が課税対象となります。本来の取得費がもっと高ければ、過大な税金を払うことになりかねません。できる限り、当時の出資契約書や議事録などを探すことをお勧めします。

株式譲渡の税務は専門的な知識が不可欠です。特に、非上場株式の株価評価や取得費の算定は複雑です。疑問や不安があれば、税理士のような専門家に相談するのが最も確実で安心できる方法です。

専門家への相談はいつ？失敗しないためのチェックリスト

株式譲渡は、法律、税務、会計といった専門知識が複雑に絡み合う手続きです。自己判断で進めてしまう前に、どんな場面で専門家の力が必要になるのか、具体的に見ていきましょう。

専門家への相談を検討すべきケース

手続きの各段階で、特に専門家の知見が活きてくる場面があります。一つでも当てはまると感じたら、早めの相談をおすすめします。

• 株価算定：「自社の株価はいくらが妥当？」 → 税理士・公認会計士
  非上場会社の株価を客観的に算定するのは非常に困難です。専門家に依頼すれば、会社の財産や収益力などを基に、法的に妥当な株価を算出してくれます。
• 契約書レビュー：「この契約書の内容で法的に問題ない？」 → 弁護士・司法書士
  株式譲渡契約書は、将来の紛争を防ぐための重要な書類です。特に表明保証条項など、自社に不利な内容が潜んでいないか、法務のプロにリーガルチェックを依頼することは不可欠です。
• 税務相談：「税金の計算や申告が複雑で自信がない」 → 税理士
  譲渡益にかかる税金の計算や確定申告は、専門家でなければ間違いやすい部分です。節税特例の適用などを検討する場合は、税理士のアドバイスは必須と言えるでしょう。

株式譲渡の失敗を防ぐチェックリスト

過去の失敗事例から学び、同じ過ちを繰り返さないようにしましょう。以下のチェックリストで、手続きに抜け漏れがないか確認してください。

• □ 書面の作成: 譲渡承認の請求や契約は、口約束で済ませず必ず書面で残したか？
• □ 会社の承認手続き: 取締役会や株主総会の決議を正しく行い、議事録を作成したか？
• □ 株主名簿の管理: 名義書換を確実に行い、株主名簿を最新の状態にしたか？
• □ 表明保証条項: 契約書に、会社の潜在的なリスクに関する表明保証条項を盛り込んだか？

これらのポイントは手続きの根幹に関わる部分です。一つでも不安な点があれば、一度立ち止まって専門家の意見を聞くのが賢明です。

近年では、経営陣が自社を買収するMBOや、非上場化といった複雑なケースも増えています。こうした手続きは高度な法的整理が不可欠であり、専門家のサポートなしに進めるのは非常に困難です。

株式譲渡に関するQ&A

手続きを進める中で出てきやすい疑問について、Q&A形式で解説します。

Q1. 会社から株式譲渡の承認が得られなかった場合はどうなりますか？

譲渡を承認しない場合、会社は自らその株式を買い取るか、または他の買い手（指定買取人）を指定する義務があります。単に「承認しない」と拒否することはできません。これは、株主の投下資本回収の機会を保護するための会社法のルールです（会社法第140条参照）。その後、売買価格について当事者間で協議し、合意できなければ最終的に裁判所が価格を決定します。

Q2. 株券を発行していない会社（株券不発行会社）の注意点は？

現在の中小企業のほとんどは株券不発行会社です。この場合、株券という「モノ」の受け渡しがないため、以下の2点が極めて重要になります。

1. 当事者間で「株式譲渡契約」を締結すること
2. 会社に「株主名簿の名義書換」を完了してもらうこと

特に「株主名簿の名義書換」を怠ると、新しい株主は会社に対して議決権行使や配当請求といった株主としての権利を主張できません。手続きは最後まで確実に完了させることが大切です。

Q3. 相続で取得した株式を譲渡する場合、手続きは違いますか？

相続によって株式を取得する際は、会社の承認は不要です。しかし、その相続した株式を第三者に譲渡（売却）する場合は、通常の譲渡制限株式と同様に、会社の承認手続きが必要になります。
また、税金計算上の取得費は、亡くなった方（被相続人）がその株式を取得したときの価格を引き継ぐため、事前に確認しておくことが重要です。

Q4. 専門家への依頼費用はどれくらいかかりますか？

費用は、譲渡の規模や複雑さ、依頼する業務範囲によって大きく変動します。あくまで一般的な目安として、以下を参考にしてください。

• 司法書士（契約書作成のみ）: 数万円～10万円程度
• 税理士（株価算定・税務申告）: 数十万円～
• M&Aアドバイザー（相手探しから全て）: 譲渡価格に応じた成功報酬（レーマン方式）となり、最低でも数百万円以上になることが一般的です。

どの専門家にどの範囲の業務を依頼するかを明確にすることが、コストを適切に管理する上で重要です。

まとめ：専門家と共に、確実な株式譲渡を

株式譲渡は、法律や税務が複雑に絡むため、自己判断で進めると予期せぬトラブルに陥る可能性があります。手続きのどの段階であっても、少しでも不安を感じたら、まずは専門家の意見を聞くことが成功への一番の近道です。

大切な会社の未来に関わる手続きだからこそ、信頼できる専門家のサポートを得て、万全の体制で進めましょう。

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本記事は2025年11月4日時点の情報に基づいて作成されています。税制や法律は改正される可能性があるため、実際の判断にあたっては最新の情報を確認するか、税理士などの専門家にご相談ください。本記事の内容によって生じた損害について、当方は一切の責任を負いかねます。