2025-12-26 休職中の年末調整を徹底解説！損しないための手続き・書類の書き方ガイド

2025年12月26日

病気や育児などで休職に入ると、「年末調整ってどうなるんだろう？」と不安に感じる方は少なくありません。しかし、結論から言うと、その年に一度でも会社から給与をもらっていれば、原則として年末調整の対象になります。

休職中は収入が減ることが多いため、正しい手続きをすれば、払い過ぎた税金が戻ってくる（還付される）可能性が高いです。この記事では、休職中の年末調整の基本から、損をしないための具体的なアクションまで、わかりやすく解説します。

休職中の年末調整、基本のキホン

休職中でも、会社に在籍している事実に変わりはありません。そのため、年末調整の基本的な考え方は、普段通り働いているときと同じです。

そもそも年末調整とは、毎月の給料から天引きされている所得税（源泉徴収税）の1年間の合計額と、本来納めるべき年税額を比較し、その差額を精算する手続きです。

休職して給料の支払いがストップすると、年間の総収入は当初の見込みより減ります。そうなると、結果的に税金を払い過ぎているケースが多く、年末調整でその分が戻ってくることがほとんどです。

どんな人が年末調整の対象になる？

具体的にどんな人が対象になるのでしょうか。一番のポイントは「その年に会社から給与の支払いがあったかどうか」です。

• 年の途中まで働いて休職に入った人：休職に入る月まで給与をもらっているので、年末調整の対象です。
• 1月1日からずっと休職中の人：この場合、その年に一度も給与を受け取っていなければ、調整すべき所得税がないため対象外となります。

これは国税庁のウェブサイト「No.2665 年末調整の対象となる人」にも明記されており、会社は年末時点で在籍している従業員の年末調整を行う義務があります。

会社にお任せ？ それとも確定申告が必要？

ほとんどのケースは会社の年末調整だけで済みますが、状況によってはご自身で確定申告をしないと損をしてしまうこともあります。

例えば、年間の医療費が10万円を超えた場合の「医療費控除」や、ふるさと納税をした際の「寄付金控除」。これらは会社の年末調整では手続きできません。

これらの控除を使って税金の還付を受けたいなら、翌年、ご自身で確定申告を行う必要があります。

まずは「自分は会社の年末調整の対象か？」を確認し、次に「他に申告できる控除はないか？」を考える。この2ステップが、損をしないための第一歩です。もし手続きに不安があれば、税理士のようなプロに相談するのも賢い選択肢です。P4 MARKETのようなプラットフォームを使えば、経験豊富な専門家にオンラインで気軽に相談できます。

休職の理由によって手続きは変わる？ケース別に年末調整の進め方を解説

一口に「休職」と言っても、その理由は人それぞれです。病気やケガ、育児や介護、あるいは自己都合など、背景によって年末調整で注意すべきポイントも変わってきます。

ここでは、よくある3つのケースを取り上げ、具体的にどう手続きを進めればよいのか、実務上の注意点も交えながら見ていきましょう。

ご自身の状況と照らし合わせながら、必要なアクションを確認してください。

Case1：病気やケガで休職している場合

病気やケガが理由で長期間休む場合、多くの方は健康保険組合から「傷病手当金」を受け取っているかと思います。この傷病手当金は、税金の計算上は「非課税所得」という扱いになります。

つまり、年末調整で収入として申告する必要はありません。もしその年、会社からの給与が一切なく、傷病手当金だけで生活していたなら、所得税はかからないということです。

医療費控除は会社の年末調整では手続きできないため、ご自身で税務署に確定申告をする必要があります。年が明けたら、病院の領収書などをまとめて準備しましょう。

Case2：育児や介護で休業している場合

育児休業や介護休業の際に雇用保険から支給される「育児休業給付金」や「介護休業給付金」。これらも傷病手当金と同じく非課税です。年末調整の計算に含める必要はないので、安心してください。

休業中は社会保険料（健康保険料や厚生年金保険料）が免除されることがほとんどです。ただし、もし休業に入る前や復職後にご自身で国民年金や国民健康保険の保険料を支払った期間があれば、その分は控除の対象になります。

他にも、以下のような控除が受けられる可能性があります。

• 社会保険料控除：その年に支払った国民年金保険料など
• 生命保険料控除：個人で契約している生命保険や医療保険の保険料
• 地震保険料控除：ご自宅にかけている地震保険料

これらの控除を受けるには、保険会社などから郵送されてくる「控除証明書」が必須です。年末調整の書類と一緒に会社へ提出する必要があるので、届いたら失くさないように大切に保管しておきましょう。

Case3：自己都合で休職している場合

留学やボランティア活動といった自己都合での休職では、会社からの給与も公的な給付金もないケースがほとんどでしょう。

この場合でも、その年に一度でも会社から給与を受け取っていれば、年末調整の対象になります。休職前に支払われた給与をもとに税額が再計算され、多くの場合、源泉徴収されていた税金がいくらか戻ってくるはずです。

ここで何より大切なのが、休職中も会社との連絡を絶やさないことです。年末調整の時期（だいたい11月頃）になると、会社から関係書類が送られてきます。もし引越しなどで住所が変わった場合は、必ず人事や総務の担当者に伝えておきましょう。

ちなみに、年末調整は原則として「その年の最後の給与を支払うとき」に行われます。育休などで12月に給与がない場合、その前の最終給与支払月に前倒しで年末調整が行われることもあります。より詳しいルールは国税庁の通達でも確認できますが、個別のケースで不安な点があれば専門家への相談も有効です。

どのケースでも、もし手続きに少しでも不安を感じたら、専門家に相談するのが一番です。例えばP4 MARKETのようなサービスを使えば、税務のプロである税理士にオンラインで気軽に質問でき、個別の状況に合わせた的確なアドバイスがもらえます。

年末調整で提出する書類と、ミスなく書くためのポイント

休職中の年末調整をスムーズに進めるには、なによりも書類を正確に準備することが大切です。会社から送られてくる書類はいくつかありますが、特に重要なのが「扶養控除等申告書」と「保険料控除申告書」の2つです。

これらの書類は、あなたの税金額を正しく計算するための、いわば「情報源」です。休職中は収入や家族の状況も変わりやすいため、一つひとつの項目をじっくり確認して正しく記入することが、結果的に節税、つまり手元に戻ってくるお金を増やすことにつながります。

「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」の書き方

まずはこちらの書類。配偶者や親族を扶養に入れているか、ご自身が障害者やひとり親に当てはまるか、といった情報を会社に伝えるためのものです。休職をきっかけにご家庭の収入状況が変わった方は特に注意して記入しましょう。

「給与所得者の保険料控除申告書」の書き方

もう一つ大事なのが、この保険料控除の申告書です。ご自身で支払った生命保険料や地震保険料、個人型確定拠出年金（iDeCo）などの掛金を申告するためのものです。ここで申告した金額は所得から差し引かれるため、所得税や住民税が安くなります。

• 生命保険料控除：一般生命保険料、介護医療保険料、個人年金保険料の3つの区分に分けて記入します。秋頃に保険会社から届く「控除証明書」を見ながら金額を書き写し、証明書もセットで提出します。
• iDeCoの掛金：これは「小規模企業共済等掛金控除」という項目に該当します。国民年金基金連合会から送られてくる「小規模企業共済等掛金払込証明書」をもとに、支払った掛金の全額を記入しましょう。
• 社会保険料控除：休職前に個人的に国民年金や国民健康保険料を支払っていた期間があれば、それもこの書類で申告できます。

これらの控除は、黙っていては適用されません。自分から申告して初めて効果を発揮します。特にiDeCoは全額が所得から控除されるため、節税効果は非常に大きいです。数千円、場合によっては数万円単位で還付額が変わることもありますから、送られてきた証明書類は大切に保管し、漏れなく申告するようにしてください。

もし書類の書き方で「これってどう書くんだろう？」と迷ったら、まずは会社の担当部署に確認するのが一番確実です。それでも解決しないような少し複雑なケースなら、税理士のような専門家に相談してみるのも一つの手です。P4 MARKETのようなプラットフォームを使えば、個別の状況に合わせてオンラインで気軽にアドバイスをもらうこともできます。

年末調整だけでは終わらない？確定申告が必要になる意外なケース

休職中の税金の手続きは、会社の年末調整で全部おしまい、と思っていませんか？実は、それだけでは損をしてしまうことがあるんです。特定の条件に当てはまる方は、ご自身で確定申告をすることで、払い過ぎた税金が戻ってくる（還付される）可能性があります。

「確定申告」と聞くと難しく感じるかもしれませんが、払い過ぎた税金を取り戻すための、とても大切な手続きです。具体的にどんな場合に必要になるのか、一緒に見ていきましょう。

医療費がたくさんかかった（医療費控除）

休職の理由が病気やケガだった場合、治療のために医療費がかさんでいる方も多いのではないでしょうか。もし、1年間（1月1日～12月31日）に支払った医療費の合計が10万円（または総所得金額等の5%）を超えるなら、確定申告で「医療費控除」を申請できます。

この医療費控除は、会社の年末調整では手続きしてもらえません。自分で確定申告をすることで初めて適用され、所得税が戻ってきたり、翌年の住民税が安くなったりします。

ご自身の分だけでなく、生計をともにする家族の分も合算できるのがポイントです。一年間の領収書は、まとめて大切に保管しておきましょう。

年の途中で退職し、年末は無職だった

もし年の途中で会社を辞めて、年末の時点でどこにも所属していない場合、年末調整は行われません。このケースでは、ご自身で確定申告をする必要があります。

在職中の給与からは、毎月「だいたいこのくらいだろう」という概算の所得税が天引き（源泉徴収）されています。年間トータルの収入が確定していないため、たいていの場合、税金を多めに払っている状態なのです。

他にもある、確定申告した方がいいケース

医療費控除や中途退職以外にも、確定申告が必要だったり、した方がお得になったりする場合があります。

• 副業の所得が20万円を超えた：休職中に副業をしていて、その所得（収入から経費を引いた儲け）が年間で20万円を超えるなら申告が必要です。
• ふるさと納税をした：「寄付金控除」を受けるために確定申告が必要です。ただし、「ワンストップ特例制度」を利用している場合は不要です。
• 住宅ローンを組んだ（1年目）：住宅ローン控除の1年目は、年末調整では処理できないため、自分で確定申告をする必要があります。

これらの手続きは、原則として翌年の2月16日から3月15日の間に行います。ただ、税金が戻ってくる「還付申告」の場合は、翌年1月1日から5年間、いつでも提出できます。

もし手続きが複雑で不安に感じたら、税理士のようなプロに相談するのも一つの手です。P4 MARKETのようなプラットフォームを使えば、オンラインで気軽に専門家を探し、自分の状況に合った的確なアドバイスをもらえます。

休職中の年末調整、みんなが気になるQ&A

休職中の年末調整は、普段の年とは勝手が違うため、「これで本当に合っているのかな？」と不安になる方も多いのではないでしょうか。ここでは、休職を経験された多くの方から寄せられる代表的な疑問について、Q&A形式でわかりやすく解説していきます。

Q1. 休職中で給与がゼロの年、年末調整はどうなりますか？

A. その年に会社から一度も給与を受け取っていないなら、そもそも調整すべき所得税がないため、年末調整の対象にはなりません。

ただし、年の途中まで働いて給与を受け取っていた場合は話が別です。その期間の給与については、会社が年末調整を行ってくれるのが一般的です。
ひとつ知っておきたいのが、無給期間が長く、年間の合計所得金額が一定額を下回る場合、配偶者の扶養に入れるケースがあるということです。この手続きは配偶者の勤務先で行うため、ご自身の状況を家族と共有しておくことをおすすめします。

Q2. 傷病手当金や育児休業給付金は、所得として申告が必要ですか？

A. いいえ、その必要はありません。傷病手当金や育児休業給付金といった公的な給付金は、法律で非課税所得と定められています。

健康保険法第62条では「保険給付として支給を受けた金品については、租税その他の公課を課することができない」と明確に規定されています。これが傷病手当金などが非課税である根拠です。

つまり、これらの給付金は年末調整や確定申告で所得として計算に含めることはありません。もしその年の収入がこれらの給付金だけで、会社からの給与支払いがなければ、結果的に所得税はかからないことになります。

Q3. うっかり！会社に年末調整の書類を出し忘れてしまいました…

A. 会社の提出期限に間に合わなかったとしても、決して慌てる必要はありません。ご自身で確定申告をすれば、生命保険料控除や扶養控除など、年末調整で受けられるはずだった控除をきちんと適用できます。

確定申告に絶対に必要になるのが、会社が発行する「源泉徴収票」です。年末調整をした・しないにかかわらず、会社は従業員に源泉徴収票を交付する義務がありますから、忘れずに受け取っておきましょう。もし手続きに不安があれば、税理士のような専門家に相談するのも一つの手です。

Q4. 年の途中で退職して、年末まで無職の場合、年末調整はどうなりますか？

A. 年末調整は、その年の12月31日時点で在籍している会社で行うのが大原則です。したがって、年の途中で退職し、年末時点でどこにも所属していない場合は、ご自身で確定申告を行う必要があります。

退職した会社から源泉徴収票をもらい、翌年の確定申告期間（原則として2月16日～3月15日）に手続きを進めましょう。在職中に給与から天引きされていた源泉徴収税は、少し多めに計算されていることが多いため、確定申告をすることで払い過ぎた税金が戻ってくる（還付される）ケースがほとんどです。

個々の状況によって手続きは少し複雑になることもあります。少しでも迷ったり不安に感じたりしたら、P4 MARKETのようなプラットフォームで専門家に相談し、正確な手続きを進めることをお勧めします。

迷ったら、専門家に相談するのが一番の近道です

休職中の年末調整や確定申告は、休職の理由や給与の有無、家族構成の変化など、個々の状況によって考慮すべきポイントが多く、手続きが複雑になりがちです。

「自分の場合は、どの控除が使えるんだろう？」「この書類の書き方、本当に合ってるのかな…」もし少しでも不安を感じたら、一人で抱え込まずに専門家に相談するのが、結果的に一番確実で早い解決策になります。

税理士に相談するメリット

特に、休職中に副業をしていたり、家族の扶養状況が少し複雑だったりする方は、税理士に相談するメリットは非常に大きいです。プロの目でチェックしてもらうことで、うっかりミスによる申告漏れや計算間違いを防ぐことができます。

使える控除をしっかり活用して、正しく申告すること。これは、最終的に手元に戻ってくるお金を最大化することに直結します。 専門家への相談は、時間と安心を買うための賢い投資とも言えるでしょう。

税金のルールは毎年のように変わります。最新の法令にもとづいて的確なアドバイスをもらえるのは、やはり専門家ならではの強みです。国税庁のウェブサイト「タックスアンサー（よくある税の質問）」も非常に役立ちますが、ご自身の状況に合わせた具体的なアドバイスは、専門家から直接もらうのが一番確実です。

オンラインなら、もっと気軽に専門家を探せる

最近は、オンラインで気軽に税務の専門家に相談できるサービスも増えています。わざわざ事務所に出向かなくても、必要な時にピンポイントでアドバイスをもらえるので、休職中で体調がすぐれない方でも利用しやすいのが利点です。

複雑な税務手続きに貴重な時間を費やしてしまう前に、まずは専門家の力を借りて、スムーズかつ正確に手続きを終わらせることを検討してみてはいかがでしょうか。

P4 MARKETなら、経験豊富な税理士をはじめとする専門家に、オンラインで30分単位から気軽に相談できます。匿名での相談もOKなので、まずはあなたの状況を話してみることから始めてみませんか。